A millenniumi kiállítás után hamarosan jelentős ausztráliai és új-guineai gyűjteménnyel megalapítja a múzeum tengerentúli néprajzi osztályát is. 1900-ban a Múzeumi egylettel kirándulást szervez a Sárközbe, ahol a parasztélet tanulmányozását népművészeti tárgyak gyűjtésével kapcsolja össze. Közben felhívással él a megye tanítóihoz népdalok gyűjtésére ösztönzi őket. Csak sajnálni lehet, hogy a felhívásra csupán Bocskár Ferenc őcsényi tanító küldi el kb. 300 darabos dalgyűjtését, melynek dallamanyagát Wosinsky még abban az évben rögzíti fonográfon. Sokirányú érdeklődését mi sem mutatja jobban, mint az, hogy Jankó János útmutatásai alapján megkezdik a megye népességének antropológiai vizsgálatát is.
A tudományos munka közepette még arra is jut ideje, hogy kiharcolja, összegyűjtse a pénzt egy múzeumépület megépítéséhez, sőt – neoklasszicista stílusban – fel is építteti azt. 1901-ben nyitják meg a nagyközönség számára az új múzeumot. Ezután – főleg céhemlékekből – létrehozza az iparművészeti osztályt, és 1907-ben bekövetkezett hirtelen halála előtt még évkönyvet is ad ki. Ekkor már Kovách Aladár (1860-1930) a néprajzi osztály őre, a tárgyak száma: 3629.
Kovách Aladár 1901-ben lép a múzeum szolgálatába, mellette levéltári munkakört is betölt, 1913-ban tiszteletbeli vármegyei főlevéltárnokká nevezik ki. “A Sárköz szerelmesé”– nek nevezik, fő feladatának valóban a sárközi nép ismeretanyagának, tárgyi világának megmentését tekinti. Tanulmányai főleg az anyagi kultúra témaköréből íródtak, a mai kutató számára is példamutató alapossággal, módszerességgel. Haláláig – 1930-ig – állt a múzeum élén. Jelentős érdemei vannak még az első világháború előtti, igen értékes gyűjtemény kialakításában Ács Lipót gimnáziumi rajztanárnak, valamint Jankó Jánosnak, aki külső munkatársként nemcsak tanácsaival segítette a fellendülőben lévő néprajzi kutatómunkát, hanem személyesen is részt vett a terepmunkában.
A második világháború nagy veszteségeket okozott a múzeum gyűjteményeiben. Novák József (1946-1951 között vezette az intézményt) 1946-os jelentése szerint: “…megsemmisült a múzeum teljes berendezése, szakanyagának nagyobb része. Különösen súlyos veszteség érte a természettudományi (99,5 %), a numizmatikai (éremtani) és a néprajzi gyűjteményeket.” Mészáros Gyula ősrégész-igazgató (1951-1974) vezetése alatt az 1970-es évek fellendülő gazdasága lehetőséget teremtett még egy néprajzos státus létrehozására. Így 1972 óta két néprajzos végezte a gyűjtőmunkát, melynek eredményeképpen 1987-ben 11340 darabot tett ki a néprajzi tárgyak száma. Andrásfalvy Bertalan (1955-1960 között a múzeum néprajzos munkatársa) – akár csak az őt követő Babus Jolán – kiemelkedő érdemeket szerzett a néprajzi gyűjtemény újjáteremtésében. 1975-1980 között három néprajzos dolgozott a múzeumban: Szilágyi Miklós múzeumigazgató, Gémesné Vámos Mária és Gémes Balázs.
A Tolna megyei múzeumi szervezet néprajzos szakága a következőképpen épül fel: Szekszárd székhellyel, megyei illetőségű gyűjtőkörrel, egy néprajzos szakemberrel és egy raktárkezelővel az anyaintézmény. A múzeumi szervezethez tartozik még a tájházak hálózata: Szakály, Sióagárd, Nagymányok, Bátaszék, Alsónyék. Természetesen több magán- és helytörténeti gyűjteményt is számon tartunk. Néprajzos végzettségű szakember dolgozik még a bonyhádi és paksi városi múzeumban.
Múzeumunk gyűjteményei közül darabszámát tekintve is a néprajzi a második legnagyobb. A tárgyi anyagon kívül (18101) a néprajzi gyűjteményt képezi az adattár 958 tétellel, 48846 lap fotó, 10640 negatív, 2984 tárgyfotó, 1324 diapozitív és 702 dokumentum.
Néprajzi anyagunk legértékesebb része kétségtelenül a textilgyűjtemény. A háború előtt legnagyobb részét a sárközi anyag képezte, ma is figyelemre méltó a közel 200 darabos főkötő, 70 darabos bíborvég egység. Napjainkra igyekeztünk az egyéb néprajzi csoportok anyagában mutatkozó hiányokat is pótolni. Különösen nagy számú bukovinai székely textíliát sikerült begyűjteni. Ezek között igen nagy értéket képviselnek a gyapjúszőttesek és a különböző hímzett bőr viseleti darabok.
Jelentős a festett bútorgyűjteményünk is: Váraljáról, Faddról, Hartáról. Ezek elsősorban padok, ágyak, tálasok, székek, ládák.
Kerámiagyűjteményünk mintegy 1500 darabos. Ezen belül jelentősebb értéket képvisel az ún. “sárközi” és a későhabán csoport, de jelentős a fekete edények száma is. Ez utóbbiak főleg Mohácson és Bátaszéken készültek. Tárgyegyütteseink közül a tájházainkban elhelyezett gyűjteménycsoportoknak van kiemelkedő tudományos értéke.
Néprajzi adattárunk 1973-ban indult. Jelentős részét az Országos Néprajzi és Nyelvjárási Gyűjtőpályázatra beérkezett anyag teszi ki, területi szóródása meglehetősen esetleges, tudományos értéke is ingadozó. Másik nagyobb csoport a szakdolgozatok. Jelentősebb anyaggal a Sárköz, illetve a bukovinai székelység képviselteti magát. Tudományos szempontból kiemelendő Babus Jolán hagyatéka.
Fotógyűjteményünk 1954-ben jött létre. Alapját az éppen készülő felvételek, illetve a háború előtti kollekció – a hadi eseményeket túlélő töredéke – képezte. Induláskor vegyes gyűjteményként jött létre. Fotóanyagunk tudományszakokra való szétválasztására 1974-ben került sor, ugyancsak az 1970-es évek közepétől kerül külön nyilvántartásba a negatív, a tárgyfotók negatívja, illetve a dia anyag. Tárgyalt egységünkön belül különösen értékesek az 1900-as évek elején készült felvételek (Kovách Aladár, Bátky Zsigmond), valamint a kaposmenti népi építészetet dokumentáló fotók.